Die Bürgerversammlung ist das oberste Organ der Gemeinde. Sie besteht aus der Gesamtheit der Mörschwiler stimmberechtigten Bürger:innen. Sie findet jährlich Ende März in der Pfarrkirche Mörschwil statt.

Die Bürgerversammlung beschliesst über:

• die Gemeindeordnung
• die Jahresrechnung
• Voranschlag und Steuerfuss
• einmalige oder während mindestens zehn Jahren wiederkehrende neue Ausgaben, die den in der Gemeindeordnung festgesetzten Betrag übersteigen.
• Aufgaben und Kredite, soweit nicht der Gemeinderat abschliessend zuständig ist.
• Kauf und Verkauf von Grundstücken, soweit nicht der Gemeinderat abschliessend zuständig ist.
• Mitgliedschaft bei Gemeindeverbänden und Zweckverbänden
• Geschäfte, die ihr durch die Gemeindeordnung oder durch besondere gesetzliche Vorschriften zugewiesen sind.